A melhor codificação a ser usada é a UTF-8, que suporta diversos idiomas, e tem sido adotada como codificação padrão em diversas aplicações.

E importante manter todas as codificações iguais, ou seja, todas em UTF-8. Para um site, é preciso atentar para as seguintes codificações:

Codificação do arquivo propriamente dito

É a codificação do arquivo dentro do sistema operacional. Ela pode ser modificada por meio do seu editor de textos. Por exemplo:

Exemplo de alteração de codificação no editor Gedit

Exemplo de alteração de codificação no editor Eclipse

Codificação do HTML

A codificação do HTML é definida por meio de meta tag ou da função header(), do PHP.

Definição por meio de meta tag:

<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8" />

Definição por meio da função header(), do PHP:

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header( 'Content-Type: text/html; charset=utf-8' );

Codificação do banco de dados e das tabelas

Se a sua aplicação usa um banco de dados, ele precisa, também, estar na codificação usada – UTF-8 no nosso caso. Ela é definida quando se criam o banco de dados e as tabelas. Por exemplo, com MySQL, podemos definir as codificação assim:

Codificação do banco de dados:

CREATE DATABASE bancodedados DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;

Codificação das tabelas:

CREATE TABLE tabela(
	id SMALLINT(5) UNSIGNED NOT NULL auto_incre3ment,
	nome VARCHAR(20) NOT NULL,
	sobrenome VARCHAR(50) NOT NULL,
	PRIMARY KEY (id)
) DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;

Assim, todos os campos do tipo string estarão na codificação utf8.

Problemas persistentes

Se você usava codificações diferentes, e, depois, modificou apenas a codificação do banco de dados, as acentuações, provavelmente, continuarão erradas. Não basta apenas mudar a codificação, nesse caso; será necessário passar os dados para outra tabela, que esteja, inicialmente, na codificação correta. É possível fazer essa transferência de dados por meio de apenas uma consulta. Para MySQWL, por exemplo, é possível usar um INSERT INTO… SELECT.